Cibler des substances naturelles par la technique des réseaux moléculaires

From Life Sciences UPSaclay


Les dernières avancées en chimio-informatique, et plus particulièrement en spectrométrie de masse, sont en train de révolutionner la recherche en substances naturelles. En effet, l’intégration d’algorithmes informatiques dans la pratique traditionnelle d’isolement des substances naturelles permet aujourd’hui de cartographier les constituants d’un mélange et d’orienter l’investigateur vers des régions peu étudiées de l’espace chimique. Parmi ces dernières avancées, on notera le développement de la technique des réseaux moléculaires - « molecular networking » - un outil innovant de traitement des données de spectrométrie de masse tandem, conçu par les groupes de Pieter Dorrestein et Nuno Bandeira à l’Université de San Diego en Californie. Cette approche repose sur un postulat simple : les molécules structurellement proches partagent des voies de fragmentations similaires en spectrométrie de masse.

 

Au fil des années, les différentes communautés de chimistes des substances naturelles ont entièrement intégré la technique des réseaux moléculaires dans leur pratique courante d’isolement. Par ailleurs, ces communautés ont redoublé d’ingéniosité pour non seulement perfectionner la technique, mais également l’enrichir par des développements annexes innovants, comme l’interfaçage avec des données de bio-activités, de génomiques ou de spectrométrie de masse in silico, etc.

Ainsi les chimistes de BioCIS (CNRS/Université Paris-Sud, Faculté de Pharmacie, Châtenay-Malabry, membre du LabEx LERMIT) ont rédigé un article de recension dans la revue Natural Product Reports dans lequel ils dressent une rétrospective décrivant la diversité des applications de la technique des réseaux moléculaires pour cibler des substances naturelles. Ils proposent notamment un plan de travail optimal pour utiliser de façon vertueuse l’ensemble de ces nouvelles techniques.

Lire l'article

Contact : mehdi.beniddir @ u-psud.fr