Focus Plateforme - TransProt

De Life Sciences UPSaclay

La plateforme de transcriptomique et protéomique (Trans-Prot) rattachée à l’UMS IPSIT (INSERM/CNRS/UPSud, Faculté de Pharmacie, Châtenay-Malabry) offre régulièrement ses services aux équipes de recherche académiques du territoire Paris-Saclay. Elle est aussi en mesure d’assurer des développements méthodologiques et technologiques, en particulier lorsque que le constructeur de l’un de ses équipement (chaine expérimentale de microarrays, Agilent), ne propose pas encore à son catalogue l’outil ad-hoc.

 

 

Retour sur une success-story : Contactée en 2012 par une équipe de l’Université Paris-Sud souhaitant explorer le transcriptome d’une espèce fongique (champignon), Trans-Prot a conçu, développé et validé en interne une puce, répondant aux besoins du projet. Le format choisi (8x15k) a permis l’analyse sur la même lame du comportement du transcriptome dans 8 échantillons simultanément. Ce développement original a nécessité le design de 1 à 2 sondes oligonucléotidiques associées aux annotations fonctionnelles les plus à jour pour chacun des 10.000 gènes codants, et le contrôle qualité de ces séquences, opérations réalisées avec les conseils du support technique du constructeur.

Ce développement a fait l’objet d’une publication (Deloménie C et al. Current Genetics, 2016), dans laquelle l’expertise d’Agilent a été remerciée.

 

L’histoire ne s’arrête pas là : cette réalisation initialement purement méthodologique et technologique a ensuite eu un effet « carte de visite », permettant à Trans-Prot d’être approchée, sur recommandation du constructeur , par une start-up sud-francilienne intéressée par la valorisation industrielle de données de génomique et qui était à la recherche dans son périmètre d’un prestataire capable de produire pour elle sur des microarrays, des données transcriptomiques de qualité dans des délais courts. Ce défi d’une prestation de service par notre plateforme a été relevé (500 échantillons analysés sur 24 mois), permettant à TransProt d’optimiser ses procédures expérimentales et de les inscrire dans un système de management de la qualité. De plus, une partie des données produites a pu être associée à une thèse de l’Université Paris-Sud.

 

La plateforme de Transcriptomique et Protéomique (TransProt) se trouve sur le site de l’UFR de Pharmacie de l’Université Paris-Sud à Châtenay-Malabry. Elle collabore avec les équipes de recherche en mettant à leur disposition les technologies d’analyse qualitative et quantitative du transcriptome et du protéome, à partir de cellules et tissus d’origine variée. La plateforme propose les technologies microarrays et PCR en temps réel pour l’analyse transcriptomique, l’électrophorèse bidimensionnelle et la spectrométrie de masse pour l’analyse des protéomes (identification ou quantification des variations des protéines). Elle est membre du Réseau des plateformes de génomique de Paris-Saclay (GENOPS).

 

Contact : claudine.delomenie @ u-psud.fr

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